داستان Ground Zeroes در سال ۱۹۷۵ میلادی، چند ماه پس از اتفاقات Peace Walker رخ می دهد. در این قسمت نیز شاهد بازگشت Big Boss (اسنیک) به عنوان قهرمان اصلی بازی خواهیم بود. اولین ماموریت وی این است که با همکاری ارتش بدون مرز وارد یک کمپ آمریکایی که منطقه‌ای ممنوعه از خاک کشور کوبا؛ شود. این کمپ Omega نام دارد. یکی از ماموریت‌های اسنیک در این کمپ یافتن جاسوس Cipherها، Paz Ortega می‌باشد که با وی در طی جریانات Peace Walker آشنا شده بودیم. یکی دیگر از ماموریت‌های وی نجات Chico Libre، پسربچه ای که در Peace Walker دستگیر شد و علی‌رغم تلاشش برای نجات یافتن، دست به جایی نبرد. زمانی که اسنیک در حال انجام این ماموریت است، پایگاه اصلی ارتش بدون مرز مورد حمله‌ی گروهی مخفی با اسم رمز XOF به رهبری فردی با نام Skull Face قرار می‌گیرد. اتفاقاتی که در طی این ماموریت رخ می‌دهد دلیل اصلی تغییر رفتار و شخصیت اسنیک در نسخه‌ی بعدی The Phantom Pain خواهد بود.